MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia crocidurae str. Achema plasmid unnamed

Total Repeats: 302

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017817	CT	3	6	507	512	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017817	CTT	2	6	527	532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017817	TC	3	6	533	538	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017817	CCT	2	6	554	559	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_017817	T	7	7	562	568	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017817	T	7	7	574	580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017817	TAA	2	6	591	596	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017817	A	6	6	603	608	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017817	ACA	2	6	619	624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017817	AG	3	6	648	653	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017817	CT	3	6	662	667	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017817	ATAA	2	8	702	709	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017817	CAAA	3	12	1898	1909	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_017817	AAAT	2	8	1910	1917	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017817	TTATT	2	10	2075	2084	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017817	TCT	2	6	2685	2690	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017817	ACA	2	6	2705	2710	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017817	CCA	2	6	2711	2716	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017817	CAG	3	9	2721	2729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017817	AGT	2	6	2741	2746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017817	TCA	2	6	2747	2752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017817	CCT	2	6	2778	2783	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_017817	TAT	2	6	2794	2799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017817	N	248	248	2812	3059	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017817	CT	3	6	3085	3090	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017817	TTCTT	2	10	3109	3118	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017817	TTCAT	2	10	3121	3130	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017817	TTA	2	6	3139	3144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017817	CTT	2	6	3180	3185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017817	ATG	2	6	3257	3262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017817	TTAC	2	8	3283	3290	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017817	TCCT	2	8	3321	3328	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017817	A	6	6	3554	3559	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017817	CTT	2	6	3586	3591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017817	TAA	2	6	3595	3600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017817	AT	3	6	3616	3621	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017817	AAT	2	6	3622	3627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017817	CAT	2	6	4615	4620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017817	TCT	3	9	4638	4646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017817	ACC	2	6	4661	4666	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_017817	T	7	7	4676	4682	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017817	TTA	2	6	4690	4695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017817	TAA	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017817	A	6	6	4717	4722	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017817	CAAA	2	8	4724	4731	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017817	AAATC	2	10	4735	4744	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017817	TA	3	6	4772	4777	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017817	ACT	2	6	4788	4793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017817	ATA	2	6	4803	4808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017817	TCT	2	6	4817	4822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017817	CT	4	8	4821	4828	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017817	TA	4	8	4870	4877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017817	TTA	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017817	TATT	2	8	5205	5212	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017817	TAT	2	6	6063	6068	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017817	A	6	6	6170	6175	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017817	N	322	322	6178	6499	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017817	A	6	6	6530	6535	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017817	ATT	2	6	6554	6559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017817	A	7	7	7791	7797	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017817	CT	3	6	7811	7816	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017817	TAA	2	6	7818	7823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017817	TCA	2	6	7853	7858	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017817	ATT	2	6	8878	8883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017817	TC	3	6	8888	8893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017817	CTC	2	6	8901	8906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017817	T	6	6	8924	8929	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017817	TTG	2	6	8947	8952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017817	A	7	7	8985	8991	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017817	A	6	6	9028	9033	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017817	CAAT	2	8	9034	9041	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017817	A	6	6	9066	9071	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017817	AAC	2	6	9076	9081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017817	T	6	6	10199	10204	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017817	TC	3	6	10223	10228	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017817	T	6	6	10273	10278	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017817	TATT	2	8	10307	10314	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017817	TG	3	6	10320	10325	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017817	TGT	2	6	10359	10364	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017817	T	6	6	10467	10472	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017817	T	6	6	11279	11284	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017817	N	749	749	11327	12075	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017817	TCTCC	2	10	12126	12135	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_017817	CTG	2	6	12174	12179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017817	GCT	2	6	12197	12202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017817	T	6	6	12218	12223	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017817	CACTTG	2	12	12261	12272	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017817	CTTC	2	8	12273	12280	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017817	CTT	2	6	12331	12336	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017817	TTC	2	6	12340	12345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017817	TACT	2	8	12348	12355	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017817	TTC	2	6	12501	12506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017817	TGT	2	6	12525	12530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017817	CTTG	2	8	12531	12538	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017817	ACC	2	6	12577	12582	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_017817	TCC	2	6	12693	12698	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017817	TCC	3	9	12727	12735	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_017817	TCC	3	9	12745	12753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017817	TTCC	2	8	12756	12763	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017817	CAC	3	9	12793	12801	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_017817	ATTT	2	8	12829	12836	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017817	A	6	6	12864	12869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017817	TCT	2	6	12879	12884	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017817	TAT	2	6	12924	12929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017817	N	1661	1661	13900	15560	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017817	ATT	2	6	15621	15626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017817	AATA	2	8	15673	15680	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017817	ATT	2	6	15738	15743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017817	GTT	2	6	15770	15775	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017817	T	6	6	15774	15779	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017817	ACT	2	6	15817	15822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017817	TAA	2	6	15833	15838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017817	AT	4	8	15906	15913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017817	ATA	2	6	15916	15921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017817	TA	3	6	15920	15925	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017817	CTT	2	6	16271	16276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017817	AATT	2	8	16316	16323	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017817	ATA	2	6	16350	16355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017817	AT	3	6	16386	16391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017817	TAAAA	2	10	16395	16404	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017817	A	6	6	16401	16406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017817	AT	4	8	16409	16416	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017817	TTAA	2	8	16417	16424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017817	ATT	2	6	17150	17155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017817	AT	3	6	17162	17167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017817	ACT	2	6	17198	17203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017817	ATA	2	6	17224	17229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017817	ACA	2	6	17245	17250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017817	AAT	2	6	17255	17260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017817	TATTAA	2	12	17340	17351	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017817	AGT	2	6	17354	17359	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017817	ATA	3	9	17370	17378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017817	AAATA	2	10	17401	17410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017817	AAC	2	6	17418	17423	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017817	A	6	6	17436	17441	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017817	GAA	2	6	17447	17452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017817	TCAAA	2	10	17479	17488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017817	T	6	6	17497	17502	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017817	AAG	2	6	17505	17510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017817	N	1444	1444	17538	18981	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017817	TA	3	6	19081	19086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017817	AAAATT	2	12	19097	19108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017817	TTAT	2	8	19133	19140	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017817	AT	3	6	19244	19249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017817	CTA	2	6	19276	19281	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017817	ATA	2	6	20238	20243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017817	ATT	2	6	20246	20251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017817	A	7	7	20254	20260	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017817	TTAA	2	8	20298	20305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017817	TTAA	2	8	20324	20331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017817	TTA	2	6	20523	20528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017817	TAA	2	6	20543	20548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017817	AATG	2	8	21184	21191	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017817	ATT	2	6	21198	21203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_017817	ATT	2	6	23490	23495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_017817	TA	3	6	26587	26592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.